環境與生態學院成立于2011年3月，是在原海洋與環境學院的環境學科和生命科學學院的生態學科基礎上整合組建起來的學院。“學院雖新，但學科歷史悠久”，我院的生態學科可追溯至1922年，環境學科可追溯至1982年。
經過多年建設，環境科學為國家重點學科，生態學和環境工程為福建省重點學科。2017年9月，我院的生態學入選國家“雙一流”建設學科。根據ESI統計，我校環境與生態學科從2012年起進入全球排名前1%，2019年最新位次率已提升至前0.431%。
學院平臺及支撐體系建設成效頗豐，擁有近海海洋環境科學國家重點實驗室（和海洋與地球學院共建）、濱海濕地生態系統教育部重點實驗室和4個省級科研平臺（福建省海陸界面生態環境重點實驗室、福建省濱海濕地保護與生態恢復工程技術研究中心、福建省水環境健康與安全協同創新中心、福建省海岸帶污染防控重點實驗室）。2019年8月，獲批建設臺灣海峽海洋生態系統教育部野外科學觀測研究站，目前已被推薦申報國家野外科學觀測研究站。
學院以培養開拓、創新、國際型本碩博、博后人才為中心，為環境美好、生態文明提供廣泛社會服務；以濱海濕地、海岸帶、流域的環境、生態及科學管理研究為重點，為保護與修復、合理利用、防災減災服務。特別是在研究方面，瞄準全球變化和人類活動等多重壓力下近海－流域與濕地生態系統演變機制的重大科學前沿，同時針對國家與地方對近海－流域－濕地生態安全和防災減災的重大需求。本學科群（環境與生態學科）以亞熱帶水域生態系統(流域－河口－近海)和濱海濕地生態系統為主要研究對象，主攻水域和濕地生態系統與環境演變過程與機理及其生態環境效應，建立生態系統水平的海陸統籌管理的理論體系，同時大力發展環境工程、生態工程和環境評價等相關應用類學科的發展。
學院擁有建筑面積為2萬平方米的大樓，為學院的科學發展和人才培養提供了良好的教學科研條件和發展空間。
