研究所目前擁有“環境科學與工程”和“生態學”兩個一級學科的碩士、博士學位授予點，“資源與環境”碩士專業學位授予點，以及“環境科學與工程”博士后科研流動站。
一、主要任務
1.面向國家城市化發展過程中的生態環境保護等重大戰略需求，面向國際城市生態科學和環境科學與技術的發展前沿，在城市生態、環境與健康，城市物質能量代謝與綠色低碳發展技術，城市環境治理與廢棄物資源化技術，城市規劃與環境政策等領域，開展理論研究、技術研發、系統集成和工程示范。
2.建立符合科技創新規律的現代研究所制度，建立有利于重大科研成果產出與人才培養的管理機制，建立與區域創新體系各單元協同創新的有效方式，建立面向城市生態與環境科技發展的公共技術研發平臺，成為區域創新體系的有機組成部分，提升區域自主創新能力，帶動區域相關產業發展，培育新興產業。
3.結合重大科技任務引進優秀人才，結合科技創新實踐培養學術人才，結合知識轉移與技術轉化向社會輸送技術人才，結合區域經濟社會發展需求培訓管理人才，成為城市環境與健康研究領域人才高地，成為區域創新創業人才培養高地。
二、研究重點領域
1.城市生態健康與環境安全
(1)城市生態健康系統分析與監測；(2)城市環境復合污染機理與效應；(3)城市環境安全風險評價與預警；(4)城市環境分析技術與方法。
2.城市環境污染控制與資源化技術
(1)城市水污染控制與資源化技術；(2) 城市土壤污染修復技術；(3)城市大氣污染控制與資源化技術；(4)城市固體廢棄物污染控制與資源化技術；(5)高效環境材料制備技術；(6)環境生物技術。
3.城市環境工程與循環經濟
(1)城市環境污染控制工程與示范；(2)生態產業工程與示范；(3)城市生態環境技術集成與示范；(4)城市物質能量代謝與循環經濟建設模式示范。
4.城市生態環境規劃與管理
(1)城市環境與全球變化；(2)城市發展與城市安全；(3)城市智慧管理技術；(4)城市生態環境規劃理論與技術；(5)城市綠色低碳發展規劃理論與技術；(6)城市環境管理與政策。
三、公共平臺建設
科技部國際科技合作基地、國家級對臺科技合作與交流基地、福建省國際科技合作基地和國際科聯“城市健康計劃國際項目辦公室”；中國科學院城市環境與健康重點實驗室、中國科學院城市污染物轉化重點實驗室、中科院城市固體廢棄物資源化技術工程實驗室、中國科學院區域大氣環境研究卓越創新中心；福建省城市固體廢棄物資源化工程研究中心、福建省流域生態重點實驗室、廈門大氣環境福建省野外科學觀測研究站、浙江省城市環境過程與污染控制重點實驗室；廈門市城市代謝重點實驗室、廈門市水環境安全與水質保障工程技術研究中心、廈門市危險廢物鑒別和處置技術研發公共服務平臺、廈門市物理環境重點實驗室、廈門市室內空氣與健康重點實驗室、寧波市城市環境過程與污染控制重點實驗室。
四、對外合作
研究所已與美國、英國、德國、法國、日本、加拿大、澳大利亞、荷蘭、韓國等十多個國家及香港、臺灣的高水平研究機構保持著頻繁的交流和密切的合作關系，并與英國阿伯丁大學、美國佛羅里達大學、美國新澤西州立大學、香港理工大學等單位簽署了全面合作協議。
五、人員規模
研究所現有工作人員320人，碩、博士研究生440人。其中中國工程院院士1人、中國科學院院士1人，國家杰出青年基金獲得者5人、科技部中青年科技創新領軍人才3人、國家青年科技獎獲得者2人。
六、觀測研究站
根據“一所兩站”的戰略布局，研究所首個研究站——中國科學院城市環境研究所寧波觀測研究站在寧波市北侖區建立并投入使用。寧波站依托所本所，立足寧波市，輻射長三角，面向國家城市化發展過程中的生態環境保護等重大戰略需求，面向國際城市生態科學和環境科學與技術的發展前沿，服務于區域經濟和社會可持續發展，開展城市環境長期觀測研究、城市生態環境與健康、城市環境治理與修復技術、環境治理工程與循環經濟、城市規劃與環境政策研究與開發以及技術轉移、轉化和規模產業化。
