環境學院已有40多年的辦學歷史，前身可追溯到1978年經水利部批準設立的環境水利科學研究所。1986年在農田水利系招收環境工程專業本科生，1988年成立環境工程系，1994年成立環境科學及工程學院，1995年與水資源水文系合并成立水文水資源及環境學院，2002年獨立設置環境科學與工程學院，2009年更名為環境學院。學院設有環境工程系、環境科學系、環境生態工程系、市政工程系、化學中心、實驗中心、水資源保護與生態修復研究所、現代水處理技術研究所、水環境模擬與生態水力學研究所、環境規劃與評價研究所、固體廢棄物處理及資源化循環利用研究所、環境化學研究所、水污染控制研究所、污水資源化與低碳發展技術研究所、環境微生物研究所、環境水利科學研究所等機構。淺水湖泊綜合治理與資源開發教育部重點實驗室和教育部“流域水環境綜合治理與生態修復”學科創新引智基地掛靠我院建設與管理。2018年，河海大學環境新材料研究中心、河海大學農田污染防控研究中心成立并掛靠學院建設管理。2019年，江蘇省城鄉飲用水安全保障工程研究中心成立并掛靠學院建設管理；2020年，江蘇省農業農村污染防控與治理工程技術研究中心成立并掛靠學院建設管理。

學院環境科學與工程學科是首批國家“雙一流”建設學科，在第四輪學科評估中評估為A類，全國排名第8，并入選江蘇高校優勢學科建設項目。 環境工程為國家重點（培育）學科和江蘇省重點學科。2019年，學院環境工程和給排水科學與工程兩個本科專業入選首批“雙一流專業”計劃國家級一流本科專業點。2020年，環境科學專業入選國家一流本科專業建設點。2022年，環境科學與工程學科再次入選國家“雙一流”建設學科。學院現有5個本科專業、4個碩士學位授予權、1個一級學科博士學位授予權、4個二級學科博士學位授予權，設有環境科學與工程一級學科博士后流動站。目前，在校本科生1100余名，博士、碩士研究生700余名，外國留學生100余名。

學院現有教職工112名，其中：中國工程院院士1名。學院現有教授（含研究員）44名，副教授（含副研究員）27名。學院擁有博士生導師39名、碩士生導師36名，專任教師中具有博士學位比例100%，形成了良好的可持續發展學術研究團隊。

近五年來，學院深入開展學科建設、教育教學改革和科學研究，形成以流域環境演變與生態安全、河湖綜合治理與修復、農業農村污染防控與治理、環境新材料、環境微生物、土壤污染治理為特色的科學研究、人才培養和觀測實驗基地。學院先后承擔了國家973、863、國家自然科學基金重點項目、國家重大水專項和省部級直接服務于國家經濟建設的重大科研任務等200余項。部分研究成果處于國際先進和國內領先水平，獲得包括國家科技進步一等獎、國家自然科學二等獎、國家技術發明二等獎、國家科技進步二等獎、大禹水利科學技術發明特等獎等國家級、省部級以上科技獎勵40余項，出版專著與教材30余部。學院年均科研經費4000余萬元，發表高水平科研論文100余篇，授權國家發明專利80余項。目前，環境學院正以良好的態勢迅猛發展，在國內外具有鮮明的學科優勢和廣泛影響力。