內蒙古境內分布著數千條河流和近千個湖泊，根據其河川徑流排泄條件的不同，可分為外流和內流兩大水系。大興安嶺、陰山和賀蘭山是內、外流水系的主要分水嶺。
一、外流水系
內蒙古外流水系自東而西有額爾古納河、嫩江、遼河、灤河、永定河、黃河等6個水系，總流域面積61.34萬平方公里，占全區總面積的52.5%，主要匯入鄂霍次克海和渤海。
1、額爾古納河水系
額爾古納河水系位于內蒙古呼倫貝爾市，由額爾古納河干流、上源海拉爾河以及支流哈拉哈河、烏爾遜河、克魯倫河、木得那亞河、根河、得爾布干河、激流河等組成。河流全長1606公里，其中額爾古納河干流是中俄兩國界河，右岸屬我國呼倫貝爾市境內，流域面積15.77萬平方公里。額爾古納河是黑龍江的上游，上源海拉爾河發源于大興安嶺西側的吉魯契那山麓，向西經烏爾其汗鎮、牙克石市、海拉爾市，至阿巴蓋堆以下稱額爾古納河，河流折向東北到大司洛夫卡河口與左岸俄羅斯的石勒喀河匯合后稱黑龍江，最終注入太平洋水域的鄂霍次克海。河流全長970公里，是中俄兩國界河。
海拉爾河是額爾古納河的上游。位于呼倫貝爾市的西南部，自東而西縱貫呼倫貝爾高原的中部。發源于大興安嶺西麓吉魯契那山，干流長708公里，流域面積5.42萬平方公里。河水清澈。主要支流有庫里多爾河、特尼河、莫爾格勒河、免渡河、伊敏河等。
伊敏河是海拉爾河支流。發源于大興安嶺蘑菇山北麓，自南向北流經呼倫貝爾市鄂溫克族自治旗，穿過海拉爾市區北入海拉爾河，河長390公里，流域面積2.27萬平方公里。伊敏河上游紅花爾基以上為山地林區，紅花爾基以下河流進入丘陵草原區。伊敏河主要支流有輝河、維納河、葦子坑河、錫尼河等。
克魯倫河是額爾古納河支流。位于呼倫池的西南部，發源于蒙古國肯特山東麓，在中游烏蘭恩格爾西端進入我國，流經呼倫貝爾市新巴爾虎右旗，東流注入呼倫池。河流全長1264公里，在我國境內長206公里，區間流域面積7153平方公里。
哈拉哈河是額爾古納河支流。發源于大興安嶺南部吉里革先山西麓的達爾濱湖。河流東南向西北流，河長399公里，是中蒙界河。呼倫貝爾市境內流域面積8736平方公里。到額布都格卡附近河道分2支，一支直接匯入烏爾遜河，一支注入貝爾湖。主要支流有罕達蓋河、胡魯斯臺河。
烏爾遜河是額爾古納河支流。發源于貝爾湖和沙爾勒金河，北流注入呼倫池，河長223公里，流域面積1.05萬平方公里。
根河是額爾古納河支流。發源于大興安嶺伊吉奇山西南側，自東北向西南流經根河、額爾古納二市，于額爾古納市四卡北注入額爾古納河，河長428公里，谷寬1～2公里，流域面積1.58萬平方公里。主要支流有伊圖里河、依根河、庫力河等。
得爾布干河是額爾古納河支流。發源于根河市得耳布爾鎮北上游嶺附近，由東北流向西南，于河口附近與哈烏爾河匯合后注入干流，河長273公里，流域面積0.68萬平方公里。
激流河是額爾古納河支流。發源于大興安嶺西麓的三望山，河長468公里，流域面積1.59萬平方公里，在額爾古納市田登科附近匯入額爾古納河。處于大興安嶺西北坡原始森林區。主要流經地區有根河、額爾古納二市。主要支流有金河、阿龍山河、敖魯古雅河、安格林河等。
2、嫩江水系
嫩江干流是內蒙古與黑龍江、吉林兩省的界河，右岸支流主要分布在內蒙古，由甘河、諾敏河、阿倫河、雅魯河、綽爾河、洮爾河、霍林河等眾多支流組成。嫩江水系河流全長1369公里，流域面積24.34萬平方公里，其中在內蒙古境內流域面積15.32萬平方公里。
嫩江嫩江水系干流，松花江北源。發源于大興安嶺支脈伊勒呼里山南坡，南北縱貫呼倫貝爾市東部，經過嫩江市、莫力達瓦旗尼爾基鎮、齊齊哈爾市，在三叉河的附近與第二松花江匯合后稱松花江。
甘河是嫩江支流，發源于大興安嶺東側沃違其山麓。干流流向西北－東南。主要流經呼倫貝爾市莫力達瓦達斡爾族自治旗、鄂倫春自治旗。河長1188公里，流域面積1.97萬平方公里。主要支流阿里河，長124公里，流域面積2183平方公里，
諾敏河是嫩江支流。發源于大興安嶺嶺西，河長441公里。在呼倫貝爾市莫力達瓦達斡族自治旗尼爾基鎮附近分兩支岔注入嫩江。流域面積2.55萬平方公里，較大的支流有畢拉河，長229公里。
阿倫河是嫩江支流。發源于大興安嶺的博克圖腰梁子附近，河長344公里，流域面積6126平方公里。流域形狀為窄長方形，具有河流短和分布均勻的特點。主要流經呼倫貝爾市阿榮旗境內。下游于成吉思汗邊堡以下流入黑龍江省境內。
雅魯河是嫩江支流。發源于大興安嶺東側博克圖附近光頭山，河長388公里，主要流經內蒙古牙克石市和扎蘭屯市，在黑龍江省龍江縣東入嫩江。流域面積1.91萬平方公里，其中內蒙古境內1.46萬平方公里，有阿木牛河、濟沁河、罕達罕河、臥牛河等主要支流。下游經常移動，遺有很多舊河道、牛軛湖和沼澤地，并有砂礫層分布。扎蘭屯城北的秀水吊橋
綽爾河是嫩江支流。發源于大興安嶺頂部石門子站附近，河長552公里，流域面積1.73萬平方公里。主要流經牙克石、扎蘭屯2市和興安盟扎賚特旗，東南流到與黑龍江省交界處注入嫩江。流域面積大部屬內蒙古，僅下游右岸局部地區屬黑龍江省。河谷窄深，兩岸支流密布且分布均勻。
霍林河是嫩江支流。發源于通遼市扎魯特旗罕山西麓，經霍林郭勒市、興安盟科爾沁右翼中旗，進入吉林省境內，水流逐漸擴散消失。干流全長590公里，流域面積為2.78萬平方公里，其中內蒙古境內1萬余平方公里。
3、遼河水系
位于內蒙古境內的西遼河流域是遼河水系的右上源，由老哈河、西拉木倫河、西遼河干流等河流組成，河流全長830公里，流域面積13.88萬平方公里。主要支流有新開河、教來河、烏力吉木倫河。
老哈河是西遼河南源。發源于河北省七老圖山脈的光頭山，流經赤峰市東南部，在翁牛特旗與奈曼旗交接處與西來的西拉木倫河匯合后稱西遼河。全長425公里，流域面積3.31萬平方公里。主要支流有八里罕河、坤都冷河、英金河、羊腸子河等10條，均系長年流水河。
西拉木倫河蒙古語意為黃色的河。西遼河北源。發源于大興安嶺山地赤峰市克什克騰旗紅山北麓白槽溝。古稱潢水、饒樂水、吐護真水等。河道長380公里，流域面積3.22萬平方公里。主要支流有查干木倫河、少郎河、響水河等。河水夾帶黃沙。
西遼河由老哈河與西拉木倫河匯合口蘇家堡至遼寧省康平縣二道河子的河段稱西遼河，西遼河在康平縣二道河子與東遼河匯合稱遼河，遼河最終泄入渤海。西遼河干流長403公里，平均比降為1/2500。河谷兩岸發育著一級階地與河漫灘，寬廣的階地構成西遼河沖擊平原。
新開河是西遼河水系一級支流。河流自西拉木倫河臺河口分流后，經通遼市開魯縣和科爾沁左翼中旗，在英窩與西北來烏力吉木倫河匯合后，至小瓦房歸入西遼河，全長378公里。是1950年內蒙古政府重新整理西拉木倫河古河道而形成的河流。河流兩岸為寬廣的西遼河平原，是通遼市主要灌溉農業區和平坦草牧場，沿河兩岸還建有他拉干、都西廟等旁側平原水庫。
教來河是西遼河水系一級支流。發源于赤峰市敖漢旗西南奴魯爾虎山，在通遼市科爾沁區王家窩鋪與西遼河匯合，河流全長559公里，流域面積1.49萬平方公里。平均河床寬約300米，常年流水，可灌溉兩岸農田數十萬畝。
烏力吉木倫河蒙古語意為吉祥的河。西遼河水系一級支流。發源于赤峰市巴林左旗北部的巴顏烏蘭峰，匯集橫河、烏蘭達壩河、干支嘎河、浩爾吐郭勒河、沙里河等河流，經赤峰市阿魯科爾沁旗和通遼市扎魯特旗，于通遼市科爾沁左翼中旗的英窩與西北來的新開河相會歸入西遼河，水質良好。河流全長598公里，流域面積3.34萬平方公里。
4、灤河水系
灤河水系古名濡水。發源于河北省豐寧縣，由南向北流入沽源縣，稱閃電河。至內蒙古正藍旗上都鎮折向東，稱上都河。入多倫縣后，至查干敖包東，慧溫高勒自北來匯，始稱灤河。經小菜園出境復入河北省豐寧縣。較大支流有慧溫高勒、乃仁高勒、吐魯根河、羊腸子河等。河道蜿蜒曲折。在內蒙古境內，河流全長254公里，流域面積0.69萬平方公里。
5、永定河水系
內蒙古境內的永定河水系屬永定河北支洋河和南支御河的上游部分，流域面積5600平方公里。洋河發源于烏蘭察布市興和縣，其主要支流有后河、銀子河。御河發源于烏蘭察布市豐鎮市，主要支流有飲馬河。
6、黃河水系
黃河水系在內蒙古境內由黃河干流和較大的支流大黑河、渾河、納林川、烏蘭木倫河、悖牛川、紅柳河、都斯圖河以及昆都侖河等組成。
黃河干流自寧夏回族自治區的石嘴山流入內蒙古，經烏海市、巴彥淖爾市、包頭市、呼和浩特市的托克托縣，至鄂爾多斯市準格爾旗馬柵出境，全長843公里。
大黑河是黃河支流。由干流和大廟溝河、五貝灘河、石人灣河、小黑河等主要支流組成,流域面積1.37萬平方公里。干流發源于烏蘭察布市卓資縣十八臺鎮梁頂，往西經卓資縣、旗下營，至陶卜齊折向西南，經美岱、三兩等地，于托克托縣河口鎮附近注入黃河，河長236公里。
渾河是黃河支流。由干流和古力半吉河、清水河等支流組成,流域面積0.25萬平方公里。河流發源于山西省平魯縣，在長城的殺虎口附近進入呼和浩特市和林格爾縣，自東向西徑清水河縣，于岔河口附近注入黃河，河長200公里，是一條典型的山溪性的多泥沙河流。
納林川、烏蘭木倫河分屬于黃河支流黃甫川、窟野河的上游，皆發源于內蒙古鄂爾多斯高原東側的山地丘陵區。納林川河長72公里，在其東側有十里川平行南流，于陜西省麻鎮附近匯入黃甫川而注入黃河，在內蒙古境內流域面積0.29萬平方公里。烏蘭木倫河（紅河之意）長63公里，在其東側有悖牛川平行南流，于陜西省神木縣境內匯合后稱窟野河而注入黃河，在內蒙古境內流域面積0.47萬平方公里。
薩拉烏蘇河又稱紅柳河，系黃河中游無定河支流的上游。由薩拉烏蘇河及其支流海流圖河、納林河組成，流域面積0.75萬平方公里。紅柳河發源于陜西省薩拉烏蘇定邊縣，在二層河臺流入內蒙古鄂爾多斯市最南部的烏審旗境內。
都斯圖河是黃河支流。發源于鄂爾多斯市鄂托克旗察汗淖爾鎮，向西經鄂爾多斯高原，于內蒙古與寧夏交界處注入黃河。河長166公里，寬50～100米，流域面積0.42萬平方公里，無支流匯入。
二、內流水系
內蒙古內流水系分布比較零星，自東而西有達里諾爾、烏拉蓋爾河、查干諾爾、黃旗海、岱海和高原西部的塔布河、艾不蓋河、額濟納河等水系，皆系無尾河，河川徑流均消失于各自封閉的湖盆或洼地內；總流域面積11.41萬平方公里，為全區總面積的9.8%。
1、烏拉蓋爾河水系
烏拉蓋爾河水系是內蒙古最大的內陸河水系。由烏拉蓋爾河干流及其主要支流色也勒吉河、寶日嘎斯太河、音扎干河、高日罕河、巴拉格爾河以及伊和吉仁高勒河、錫林郭勒河等河流組成，其流域面積約6.88萬平方公里。
伊和吉仁高勒河錫林郭勒高原上的河流。發源于赤峰市克什克騰旗境內的大興安嶺西麓，由南向北流至東烏珠穆沁旗額和寶拉格蘇木境內消失，在其東側有支流巴嘎吉仁高勒河平行北流，于西烏珠穆沁旗巴彥高勒蘇木境內注入伊和吉仁高勒河。
錫林郭勒河錫林郭勒蒙古語意為高原上的河。發源于赤峰市克什克騰旗境內的大興安嶺西麓，縱貫錫林浩特市中南部。上游東西流向，處于丘陵地帶，河谷寬1公里，庫尼蘇曼以下為中下游，河水折向北流，河谷寬2～5公里，形成河間盆地，間有沼澤，至錫林浩特市巴彥寶拉格蘇木查干淖爾消失。
2、查干諾爾水系
查干諾爾水系主要包括巴音河和恩格爾河，流域面積0.51萬平方公里。巴音河由高格斯臺河、灰騰河匯合而成，發源于錫林郭勒盟正藍旗渾善達克西部沙地東緣，由東南向西北流入錫林郭勒盟阿巴嘎旗境內的查干淖爾湖，河寬3～10米。恩格爾河發源于正藍旗渾善達克沙地西部，上游狹小，下游河谷寬2～3米，河寬2～5米，向北注入阿巴嘎旗境內的查干淖爾湖。
3、塔布河
內蒙古烏蘭察布高原上的內陸河。發源于包頭市固陽縣東北部南溝村，由西向東流經包頭市達爾罕茂明安聯合旗，至烏蘭察布市四子王旗境內漸向北流，最終匯入呼和淖爾湖。干流全長316公里，流域面積約1.05萬平方公里。上游段為山區，谷深40米左右，河槽寬約10～30米，平時呈干河；中游段山地與丘陵相間分布；下游兩岸多系臺地，是干旱草原，河道中有零星灘地分布。
4、艾不蓋河
艾不蓋河系烏蘭察布高原上的內流河。發源于烏蘭察布市達爾罕茂明安聯合旗西南的犒勞以根山地，向東流至百靈廟又折向北流，最終歸入騰格日淖日湖，全長約205公里，流域面積1.21萬平方公里。上游區為山地，河谷寬2公里左右；中游流過丘陵與石山交錯地帶，河谷寬300～600米；下游先后流經寬闊草甸草原和一片戈壁，河床逐漸消失，河水潛沒在淖日湖之中。
5、額濟納河
額濟納河為內蒙古西部荒漠區中的最大河流。位于阿拉善盟額濟納旗境內。發源于青海省祁連山南麓，上游為黑河和弱水，北流入內蒙古境內稱額濟納河。額濟納河向北流至狼心山分為西河（木仁高勒）和東河（額木訥高勒），最終分別匯入嘎順諾爾（居延海）、蘇泊諾爾。河長250公里，呈南北流向，彎曲度小。西側有穆林高勒、賽汗高勒、烏蘭艾立格高勒、克列圖高勒和巴嘎高勒等5個支流分別匯入嘎順諾爾（居延海）。東河下游有昂茨河、古爾本汗立河、哈拉素海河、達西敖包河、納林河等5個支流。河流流經額濟納旗人民政府駐地達來呼布鎮。20世紀60年代以后，由于上游來水無保證，加之內蒙古境內又不產流，河流除汛期外很少有水。
