中國科學院水生生物研究所（以下簡稱水生所）是從事內陸水體生命過程、生態環境保護與生物資源利用研究的綜合性學術研究機構，其前身是1930年1月在南京成立的國立中央研究院自然歷史博物館，1934年7月改名為中央研究院動植物研究所，1944年5月又分建成動物研究所和植物研究所。中國科學院成立以后，于1950年2月將原中央研究院動物所的主體、植物研究所和山東大學的藻類學研究部分以及北平研究院的部分研究人員合并，組建中國科學院水生生物研究所，所址上海，1954年9月遷至武漢。2011年水生所整體進入中國科學院“創新2020”試點工程。2015年被認定為中國科學院“率先行動”計劃特色研究所。

　　水生所戰略定位和發展目標是，面向國家在水環境保護、漁業可持續發展和微藻生物能源利用方面的重大戰略需求，圍繞內陸水體生命過程、生態環境保護與生物資源利用領域的基礎性、戰略性和前瞻性重大科技問題，著力重大理論創新和核心技術突破，強化創新價值鏈的延伸，在水環境保護、淡水漁業和微藻生物能源領域發揮引領示范作用。

　　水生所先后擁有10位中國科學院院士。全所現有在職職工338人，其中科技人員291人，中國科學院院士5人，發展中國家科學院院士3人，研究員及正高職稱人員78人，副研究員及副高職稱人員89人。

　　目前水生所設有水生生物多樣性與資源保護研究中心、淡水生態學研究中心、魚類生物學及漁業生物技術研究中心、水環境工程研究中心、水生生物分子與細胞生物學研究中心和藻類生物學及應用研究中心等6個研究中心、共計62個學科組；擁有公共技術研發與服務部，下設分析測試中心、斑馬魚資源中心、淡水藻種庫等分支機構；擁有東湖湖泊生態系統開放試驗站、三峽水庫生態系統試驗站等野外臺站；擁有藻類生物技術與生物能源研發中心、淮安研究中心等共建機構；擁有淡水生態與生物技術國家重點實驗室、國家淡水漁業工程技術研究中心（武漢）、農業部淡水養殖病害防治重點實驗室、湖泊水污染治理與生態修復技術國家工程實驗室、中科院水生生物多樣性與保護重點實驗室、中科院藻類生物學重點實驗室、農業部鯽魚遺傳育種中心、湖北省水體生態工程技術研究中心、湖北省稻田綜合養殖工程技術研究中心、湖北省水生植物資源與利用工程技術研究中心、武漢市水環境工程研究中心；擁有亞洲最大的淡水魚類博物館和白鱀豚館。淡水生態與生物技術國家重點實驗室連續三次被評為優秀，東湖生態站被納入國家野外科學觀測研究站系列。

　　水生所自成立以來共有200項成果獲得獎勵，出版著作165部，發表論文8301篇。近年來，本所科學家領銜主持了一大批包括國家重大科技專項、“973”計劃、“863”計劃、國家基礎性專項、國家自然科學基金、中科院先導專項、地方及大型企業等各類項目經費支持，形成一批在理論上有重大突破或在應用上有廣闊前景的研究成果。近5年來，我所發表論文2183篇，其中SCI收錄1385篇。申請專利204項，獲得授權107項，出版著作11部，獲得省部級以上獎勵6項，桂建芳院士獲得2015年湖北省科學技術突出貢獻獎。一些重要技術創新或技術集成獲得成功并在應用中日臻成熟，對于我國水環境保護和漁業可持續發展起到了顯著的推動作用。這些科研產出，在魚類分子系統發育和進化、藻類生物學研究、魚類遺傳育種學、淡水生態學、水環境工程學和保護生物學等方面回答了一系列前沿科學問題，滿足了國家在水污染治理和發展生態漁業方面的重大需求，取得了重大經濟效益，產生了廣泛的社會影響。

　　水生所注重發揮水生生物學科技“國家隊”的作用，積極促進地方科技事業，參與地方經濟建設，取得了一系列成績。以國家淡水漁業工程技術研究中心（武漢）、農業部鯽魚遺傳育種中心為依托，促進了漁業模式和環保飼料等成果轉化，指導建設了一大批國家級和省級的水產原良種場。以湖北省和武漢市水環境工程技術研究中心為依托，推動了我所一批水環境治理方面的核心技術向全國輻射和轉化。面向企業和地方需求，依托藻類生物技術與生物能源研發中心、淮安研究中心等共建機構，開展相關技術研發，為企業發展和地方生態文明建設服務。

　　水生所對外合作與交流活動頻繁。近10年來，先后派出科技人員近800人次到近30個國家和地區進行合作研究、進修或短期訪問，同時接待了來自近40個國家和地區的專家2200多人次進行學術交流、合作或進修。研究所作為核心成員加入大的國際合作研究計劃，如美國的“Tree of Life”研究計劃，還發起和引領多邊國際合作，如淡水豚類聯合調查項目、主辦“水環境保護與水污染治理”國際培訓班，“海峽兩岸人工濕地研討會”、“第十屆世界華人魚蝦營養學術研討會”、“第七屆亞太藻類論壇”等。

　　水生所是國務院學位委員會批準的首批博士、碩士學位授予權單位，設有生物學、環境科學與工程博士后流動站；水生生物學、遺傳學、環境科學、水產養殖學、海洋生物學等5個二級學科博士研究生培養點；動物學、水生生物學、遺傳學、環境科學、環境工程學、水產養殖等6個二級學科碩士研究生培養點；生物工程、環境工程等2個工程碩士研究生培養點。具有招收和培養港、澳、臺和國外研究生資格。現有在學研究生542人、在站博士后35人。