中國科學院亞熱帶農業生態研究所（以下簡稱“亞熱帶生態所”）創建于1978年，其前身為中國科學院長沙農業現代化研究所，2003年10月改為現名。
亞熱帶生態所主要學科方向為亞熱帶復合農業生態系統生態學，下設喀斯特區域農業生態研究中心、農田生態研究中心、濕地農業生態研究中心、流域農業環境研究中心、畜禽健康養殖與農牧復合生態研究中心、作物分子生態研究中心等六個研究中心，作為依托單位擁有畜禽養殖污染控制與資源化技術國家工程實驗室、中國科學院亞熱帶農業生態過程重點實驗室、農業生態工程湖南省重點實驗室、動物營養生理與代謝過程湖南省重點實驗室、湖南省畜禽健康養殖工程技術研究中心和廣西石漠化治理工程技術研究中心，建有桃源農業生態系統觀測研究站、環江喀斯特生態系統觀測研究站、洞庭湖濕地生態系統觀測研究站和長沙農業環境觀測研究站。
截至2023年底，亞熱帶生態所共有在冊職工203人。其中，中國工程院院士1人，國家“杰青”1人，國家“優青”2人（含海外項目1人），國家百千萬人才高層次人選2人，國家高層次人才特殊支持計劃入選者6人，全國優秀科技工作者1人，國家“創新人才推進計劃”中青年科技創新領軍人才1人、重點領域創新團隊2個，享受國務院政府特殊津貼專家11人，中國科學院人才引進計劃入選者9人、創新（青年）交叉團隊2個、青年促進會會員20人、青年促進會優秀會員6人、特聘研究崗位人員28人、“西部之光”入選者25人、“王寬誠率先人才計劃”產研人才扶持項目1人，湖南省人才引進計劃入選者2人、“杰青”13人、“優青”2人、科技領軍人才5人、121創新人才培養工程入選者5人、光召科技獎1人，“十大同心人物”2人、享受湖南省政府特殊津貼專家2人、湖湘青年英才6人、“三尖”創新人才14人，廣西省八桂學者2人，八桂青年學者2人。
現擁有生態學博士學位授予點，生態學、畜牧學以及環境工程學碩士學位授予點；有生態學專業學科博士后流動站。目前在讀研究生192人（含國際學生2任），其中碩士生96人，博士生96人，在站博士后50余人。
亞熱帶生態所是湖南省生態學會、湖南省土壤學會、湖南省動物營養與生態環境學會掛靠單位，主辦有《農業現代化研究》期刊。
