建所以來，先后承擔了國家“863”“973”、國家科技攻關、國家科技支撐計劃項目、國家重點研發專項、國家自然科學基金、農業農村部公益性行業科研專項、省部級科技發展計劃項目及自然科學基金等750余項，取得成果1000余項，其中獲國家和省部級獎勵120余項，獲得國家授權專利380余項。在國內外學術刊物發表論文2600余篇，主編或副主編出版著作130余部。
全所正式職工131人，包括正高級專家28人（其中二級崗位2人，三級崗位6人），副高級專家59人；離退休職工83人；目前共有博士生導師14名，碩士生導師63名。科技人才包括國務政府特殊津貼專家1人，國家級人才2人，全國農業科研杰出人才2人，天津市“131”創新型人才團隊2個，天津市“131”創新型人才培養工程第一層次人選6人，天津市高層次引進人才1人，天津市青年拔尖人才2人，天津市創新人才推進計劃青年科技優秀人才1人，中國農業科學院農科英才領軍人才2人，中國農業科學院科研英才培育工程院級入選者1人，中國農業科學院青年英才1人，所級人才24人。
全所擁有國家野外科學觀測站1個（國家農業環境大理觀測實驗站）、省部級野外科學觀測站及實驗基地3個（中國農業科學院武清轉基因生物農田生態系統影響野外科學觀測試驗站、國家農業科學試驗站（湖南湘潭）、國家農業科學試驗站（山東慶云）），省部級實驗室7個（農業農村部產地環境污染防控重點實驗室、國家農業檢測基準實驗室（農藥殘留）、農業農村部農產品質量安全環境因子控制重點實驗室、農業農村部農產品質量安全環境因子風險評估實驗室（天津）、農業農村部農村廁所與污水治理技術重點實驗室、農業農村部華北平原農業綠色低碳重點實驗室、天津市農業環境與農產品安全重點實驗室），工程中心2個（天津市農田生態與環境修復技術工程中心、天津市規模畜禽養殖場環境污染控制技術工程中心），部級質檢中心2個（農業農村部環境質量監督檢驗測試中心（天津）、農業農村部植物生態環境監督檢驗測試中心(天津)），國際合作平臺6個（中芬農業環境技術聯合實驗室、中瑞農業和環境技術聯合實驗室、中瑞生物多樣性與生態農業聯合實驗室、中蒙農業環境多源監測與時空演變聯合實驗室、中英農業環境污染防治聯合研究中心、中泰農業環境固體廢棄物循環利用聯合研究中心），國家農業科技創新聯盟2個（農產品產地重金屬污染綜合防控協同創新聯盟、鄉村環境治理科技創新聯盟），最高人民法院入冊機構1個（農業生態環境及農產品質量安全司法鑒定中心），主辦期刊2個（《農業環境科學學報》《農業資源與環境學報》）。
