研究所目前擁有“環境科學與工程”、“生態學”專業一級學科博士、碩士學位授予點以及“環境科學與工程”博士后科研流動站。
一、主要任務
1.面向國家城市化發展過程中的生態環境保護等重大戰略需求，面向國際城市生態科學和環境科學與技術的發展前沿，在城市生態、環境與健康，城市環境治理與修復技術，環境治理工程與循環經濟，城市規劃與環境政策等領域，開展理論研究、技術研發、系統集成和工程示范。
2.建立符合科技創新規律的現代研究所制度，建立有利于知識轉移與技術轉化的管理機制，建立與區域創新體系各單元聯合合作的有效方式，建立面向城市生態與環境科技發展的公共技術研發平臺，成為區域創新體系的有機組成部分，提升區域自主創新能力，帶動區域相關產業發展，培育新興產業。
3.結合重大科技任務引進優秀人才，結合科技創新實踐培養學術人才，結合知識轉移與技術轉化向社會輸送技術人才，結合區域經濟社會發展需求培訓管理人才，成為城市生態與環境研究領域人才高地，成為區域創新創業人才培養高地。
二、研究重點領域
1.城市生態健康與環境安全
(1)城市生態健康系統分析與監測；(2)城市環境復合污染機理與效應；(3)城市環境安全風險評價與預警；(4)城市環境分析技術與方法
2.城市環境污染控制與資源化技術 (1)城市水污染控制與資源化技術；(2)城市飲用水安全保障技術；(3)城市大氣污染控制與資源化技術；(4)城市固體廢棄物污染控制與資源化技術；(5)高效環境材料制備技術；(6)環境生物技術
3.城市環境工程與循環經濟
(1)城市環境污染控制工程與示范；(2)生態產業工程與示范；(3)城市生態環境技術集成與示范；(4)城市循環經濟建設模式示范
4.城市生態環境規劃與管理
(1)城市環境與全球變化；(2)城市發展與城市安全；(3)城市環境地空技術與數字城市；(4)城市生態環境規劃理論與技術；(5)數字環境學的理論與應用；(6)城市環境管理與政策
三、公共平臺建設
科技部國際科技合作基地、國家級對臺科技合作與交流基地、福建省國際科技合作基地和國際科聯“城市健康計劃國際項目辦公室”；中國科學院城市環境與健康重點實驗室、中國科學院城市污染物轉化重點實驗室、中國科學院區域大氣環境研究卓越創新中心、中國科學院廈門生物產業技術研究開發公共服務平臺；廈門市城市代謝重點實驗室、廈門市物理環境重點實驗室、廈門市室內空氣與健康重點實驗室、寧波市城市環境過程與污染控制重點實驗室；福建省城市固體廢棄物資源化工程中心、廈門市水環境安全與水質保障工程技術研究中心；廈門市危險廢物鑒別和處置技術研發公共服務平臺。
四、對外合作
研究所已與美國、英國、德國、法國、日本、加拿大、澳大利亞、荷蘭、韓國等十多個國家及香港、臺灣的高水平研究機構保持著頻繁的交流和密切的合作關系，并與英國阿伯丁大學、美國佛羅里達大學、美國新澤西州立大學、香港理工大學等單位簽署了全面合作協議。
五、人員規模
研究所人員規模為835人，其中工作人員485人，研究生300人，博士后、客座人員及訪問學者50名。研究所現有中國工程院院士1人、國家“萬人計劃”科技創新領軍人才4人、國家杰出青年基金獲得者 4人、百千萬人才工程國家級人選3人、科技部中青年科技創新領軍人才3人、國家青年千人計劃1人、中科院“引進海外杰出人才”11人、國家青年科技獎獲得者 2人、博士生導師 30人，在國際組織任職 15 人次。
六、觀測研究站
根據“一所兩站”的戰略布局，研究所首個研究站——中國科學院寧波城市環境觀測站在寧波市北侖區建立并投入使用。寧波站依托所本所，立足寧波市，輻射長三角，面向國家城市化發展過程中的生態環境保護等重大戰略需求，面向國際城市生態科學和環境科學與技術的發展前沿，服務于區域經濟和社會可持續發展，開展城市環境長期觀測研究、城市生態環境與健康、城市環境治理與修復技術、環境治理工程與循環經濟、城市規劃與環境政策研究與開發以及技術轉移、轉化和規模產業化。
