主要職責：開展環保科研、應用與推廣，促進環保科技進步，為政府環境管理提供技術支持，為保護生態環境提供技術保障，為重大建設項目提供決策依據，為社會環保科技需求提供技術服務。
人員編制：全院事業編制155人，實有148人，企業聘用103人，現總計實有251人。其中博士17人、碩士83人；正高26人，副高74人。全院擁有國家注冊咨詢工程師10人、國家注冊環評工程師25人、國家注冊環保工程師4人，有12人獲國貼、省貼、省突表彰，1 人被評為省中青年學術技術帶頭人。
基礎占地：院大院占地30畝，科研樓及輔助樓建筑面積6000平米，固定資產原值1200萬元；花紅洞基地占地70畝，建筑面積4000平米。全院擁有大中型科研儀器設備53臺（套）。
內設機構：現院內設有高原湖泊研究中心、生態環境保護研究中心、大氣環境保護研究中心、環境工程技術研究中心、環境規劃研究中心、環境分析測試中心、固體廢物防治研究中心、污染源在線監測運維與環境監理中心、環境政策研究中心（低碳中心）、環保項目管理研究中心、土壤環境保護研究中心等11個科研部門及院辦公室、院黨委辦公室、院計劃財務部3個管理部門。
科研平臺：院建有云南生態環保智庫、院士工作站、云南省高原湖泊流域污染過程與管理重點實驗室、云南省重金屬污染控制工程技術研究中心、湖泊水污染與生態修復國家工程實驗室、院技術應用協作創新平臺等科技創新平臺和院學術委員會、云南省環境標準委員會及環保科技學術期刊《環境科學導刊》。
資質水平：院持有環評、工程咨詢、環境污染治理工程專項設計 3個甲級資質和生態防治工程設計、水土保持方案編制2個乙級資質，還擁有計量認證資質。在全國同類環境保護科研院所及省級科研院所中，云南省環境科學研究院資質擁有數量和等級均居前列。
作用發揮：院作為省廳直屬科研單位，每年除配合省廳承擔大量科研、規劃和政策研究項目外，還承擔為省廳相關處室提供及時的日常管理支持支撐，在服務全省重點生態環保工作方面，發揮著較為重要的作用。院長期承擔涉及生態環保的各類綜合性和專項規劃，承擔省內重大環保科技項目和政策研究類項目，相當數量科技成果已轉化為政府決策文件。正積極參與省廳環保智庫建設，努力高水平、高質量支持省廳環境管理與決策。
研究成果：院緊緊圍繞為政府環境管理和為社會環境保護提供服務的基本宗旨，積極承擔重大環保科研、服務項目，取得了較好的成績。近3個五年規劃期間，共完成5000余個各類環境科技項目，涉及國家973、863計劃項目、國家基金項目和水體污染控制與治理重大科技專項及國際合作項目等，先后獲得國家科技進步獎4項，省部級科技進步獎67項，國家專利授權25項，發表論文800余篇，出版專著60余部。
