南水北調工程建成后，并不是一年四季都進行調水。

東線工程的輸水河道在汛期將承擔泄洪功能，所以輸水期在11月至次年5月。

中線工程除檢修期外，一年內均可調水。通過對中線水源區、受水區遭遇枯水期的概率分析表明：丹江口水庫大壩加高后，達到多年調節性能，不僅可以調蓄年內來水的不均，還可以調蓄年際來水之間的不均。中線工程實施后，丹江口水庫的調度原則為：防洪、供水為主，結合發電、航運等綜合利用。丹江口水庫在滿足漢江中下游地區防洪的前提下，統籌水源地、受水區和調水下游區用水。遇丹江口水庫特枯水年份，在滿足漢江中下游最低用水需求的前提下，適當減少中線工程調水量。