南京市排水管理處成立于1978年，屬差額撥款的事業單位，原隸屬于南京市市政公用局。2010年大部制改革，原南京市市政公用局撤銷，現排水管理處隸屬于南京市城市管理局。2004年，因市政管養體制改革，排水處原承擔的行業規劃、行業執法、行業考核、城區防汛、排水許可等行業管理職能剝離。
處機關設辦公室、黨群工作部、運行維護部、工程管理部、計劃財務部、人力資源部、技術設備部、安全保衛部、工會（退管辦）9個部門，共設有江心洲污水處理廠、仙林污水處理廠、管線管理所、閘站河道管理所、排水監測站、給排水工程公司6個基層單位。主要負責全市污水管道、污水泵站、雨污合流泵站和部分雨水管道、雨水泵站以及市管水閘、內秦淮河截流溝等排水設施的運行維護，并負責江心洲污水處理廠和仙林污水處理廠的運行。同時，承擔部分排水工程的建設任務。
